据国家卫生健康委员会官方网站消息，9月16日0—24时，31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增确诊病例84例。其中境外输入病例22例(云南16例，河南2例，广东2例，上海1例，浙江1例)，含2例由无症状感染者转为确诊病例(浙江1例，河南1例);本土病例62例(福建61例，其中厦门市31例、莆田市28例、泉州市1例、漳州市1例;云南1例，在德宏傣族景颇族自治州)，含1例由无症状感染者转为确诊病例(在福建)。无新增死亡病例。新增疑似病例2例，均为境外输入病例(均在上海)。
当日新增治愈出院病例45例，解除医学观察的密切接触者661人，重症病例较前一日增加1例。
境外输入现有确诊病例587例(其中重症病例3例)，现有疑似病例2例。累计确诊病例8754例，累计治愈出院病例8167例，无死亡病例。
截至9月16日24时，据31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告，现有确诊病例916例(其中重症病例5例)，累计治愈出院病例90025例，累计死亡病例4636例，累计报告确诊病例95577例，现有疑似病例2例。累计追踪到密切接触者1177935人，尚在医学观察的密切接触者15875人。
31个省(自治区、直辖市)和新疆生产建设兵团报告新增无症状感染者20例，其中境外输入14例，本土6例(均在福建莆田市);当日转为确诊病例3例(境外输入2例);当日解除医学观察12例(境外输入11例);尚在医学观察的无症状感染者378例(境外输入359例)。
累计收到港澳台地区通报确诊病例28327例。其中，香港特别行政区12149例(出院11862例，死亡213例)，澳门特别行政区63例(出院63例)，台湾地区16115例(出院13742例，死亡839例)。
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